Η παραχώρηση της Εγνατίας Οδού στους ιδιώτες μπαίνει στην τελική ευθεία και συνοδεύεται από εκτεταμένες αλλαγές στη λειτουργία και τη χρέωση των διοδίων. Το νέο πλαίσιο τιμολόγησης αναμένεται να αναδιαμορφώσει το κόστος μετακίνησης σε έναν από τους σημαντικότερους αυτοκινητόδρομους της χώρας, με άμεση επίδραση για ΙΧ, φορτηγά και λεωφορεία.
Βασικό στοιχείο της επόμενης ημέρας αποτελεί η αύξηση της τιμής ανά χιλιόμετρο. Η χρέωση για τα επιβατικά οχήματα θα ανέβει από τα σημερινά 0,03 ευρώ/χλμ στα 0,04 ευρώ/χλμ συν ΦΠΑ, δηλαδή σχεδόν 0,05 ευρώ τελική τιμή. Η ανατίμηση θα εφαρμοστεί από την πρώτη ημέρα της παραχώρησης, ενώ μετά τη συμπλήρωση διετίας θα ενεργοποιηθεί ένας μηχανισμός σταδιακής αναπροσαρμογής που επιτρέπει αύξηση έως 27,5%, οδηγώντας το ανώτατο όριο στα 0,051 ευρώ/χλμ (χωρίς ΦΠΑ). Αντίστοιχη πολιτική θα ισχύσει και στους κάθετους οδικούς άξονες της Εγνατίας. 
Οι χρεώσεις στα υπόλοιπα οχήματα θα προκύπτουν βάσει συντελεστών, κάτι που διατηρείται στο νέο καθεστώς: τα δίκυκλα θα πληρώνουν το 70% της τιμής των ΙΧ, ενώ λεωφορεία και φορτηγά θα φθάνουν τις 2,5 έως 3,5 φορές την χρέωση των επιβατικών, ανάλογα με το σημείο του άξονα. Από το τρίτο έτος και μετά, τα βαρέα οχήματα θα τιμολογούνται επιπλέον με περιβαλλοντικά κριτήρια, βάσει ρύπων και παλαιότητας. Τα πιο ρυπογόνα φορτηγά θα επιβαρύνονται ακόμη περισσότερο, με το κόστος να φτάνει έως και τετραπλάσιο της βασικής τιμής των ΙΧ. Η προσέγγιση αυτή ευθυγραμμίζεται με ευρωπαϊκές πρακτικές που στοχεύουν στη μείωση των εκπομπών.
Παράλληλα, η παραχώρηση επιτρέπει στον ανάδοχο να ενισχύσει την εισπρακτική δομή με νέους σταθμούς διοδίων, όπου αυτό θεωρηθεί απαραίτητο, εφόσον η χρέωση παραμένει αναλογική με τα διανυόμενα χιλιόμετρα. Σε πέντε τμήματα της Εγνατίας θα εφαρμοστεί υβριδικό μοντέλο χρέωσης, με συνδυασμό αναλογικού συστήματος και υφιστάμενων σταθμών. Αν και το σύστημα free flow προβλέπεται να μειώσει τις καθυστερήσεις, δεν θα αποφευχθεί πλήρως η παρουσία χειροκίνητων λωρίδων, αφού οι οδηγοί χωρίς ηλεκτρονικό πομποδέκτη θα συνεχίσουν να σταματούν στα διόδια.
Ο παραχωρησιούχος αναλαμβάνει πλήρη ευθύνη για τη λειτουργία και την εισπραξιμότητα των διοδίων, με ρητή δέσμευση αποφυγής μεγάλων ουρών. Η σύμβαση που έχει ήδη κατατεθεί στη Βουλή καθορίζει ότι οι ουρές δεν επιτρέπεται να ξεπερνούν τα 25 οχήματα για παρατεταμένο διάστημα, ενώ προβλέπει ευελιξία στη χωροθέτηση νέων σταθμών ώστε να διασφαλίζεται η αποτελεσματική εφαρμογή της αναλογικής τιμολόγησης.
Το νέο πλαίσιο για την Εγνατία Οδό σηματοδοτεί μια από τις μεγαλύτερες αλλαγές των τελευταίων ετών στο εθνικό οδικό δίκτυο, με άμεσες συνέπειες στο κόστος μετακίνησης, την περιβαλλοντική πολιτική των χρεώσεων και τον τρόπο λειτουργίας των διοδίων.
